Con el fin de minimizar los posibles efectos secundarios, los médicos buscan las células madre más compatibles con el paciente para cada trasplante. Cada persona tiene un conjunto distinto de proteínas, llamadas antígenos del grupo leucocitario humano (o HLA, del inglés “Human Leucocite Antigen”) en la superficie de las células. Este conjunto de proteínas, llamado tipo HLA, se identifica por medio de un análisis especial de sangre.
Cuanto mayor es el número de antígenos HLA compatibles entre la muestra y el receptor del trasplante, mayor será la posibilidad de que el cuerpo del paciente acepte las células madre del donante. En los casos de transfusión de sangre de cordón umbilical, debido a la inmadurez característica de estas células se consideran compatibles las personas que comparten 4 de un total de 6 marcadores HLA (4/6 HLA). Es decir, con un 67% de similitud de HLA, se puede hacer un trasplante.
En las otras fuentes de células madre (médula ósea o sangre periférica) se necesita una compatibilidad mayor, de 9/10 HLA, ya que se trata de células menos plásticas e inmunológicamente más restrictivas porque provienen de tejidos de una persona adulta. En este caso se necesita más similitud HLA, en concreto se requiere un 90% de similitud.
La probabilidad de compatibilidad entre hermanos es del 25%, muy superior a la probabilidad de ser compatible con cualquier otra persona, que se calcula que es de 1/40.000 (0,00002%).